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国家重点实验室是国家科技创新体系的重要组成部分，是国家科技部组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科技人才、召开高水平学术研讨、科研装备先进的重要基地。它依托大学和科研院所建设的科研实体，实行人财物相对独立的管理机制和“开放、流动、联合、竞争”运行机制。

国家工程研究中心也是国家科技创新体系的重要组成部分，是国家开展和改革委员会根据建设创新型国家和产业结构优化升级重大战略需求，以提高自主创新能力、增强产业核心竞争能力和开展后劲为目标，组织具有较强研究开发和综合实力的高校、科研组织和企业等建设的研究开发实体。

两者的区别主要体现在以下几个方面：

一是侧重点不同。

国家重点实验室主要侧重于基础研究。

重点实验室按研究方向和研究内容设置研究单元，围绕主要任务和研究方向设立自主研究课题，组织团队召开持续深入的系统性研究；少部分课题可由固定人员或团队自由申请，召开探索性的自主选题研究。要注重支持青年科技人员，鼓励实验技术方法的创新研究，并可支持新引进固定人员的科研启动。

国家工程研究中心主要侧重于科技成果孵化和转化。以国家和行业利益为出发点，顺利获得建立工程化研究、验证的设施和有利于技术创新、成果转化的机制，培育、提高自主创新能力，搭建产业与科研之间的“桥梁”，研究开发产业关键共性技术，加快科研成果向现实生产力转化，促进产业技术进步和核心竞争能力的提高。

二是任务不同。

国家重点实验室的任务是针对学科开展前沿和国民经济、社会开展及国家安全的重要科技领域和方向，召开创新性研究。实验室应在科研前沿探索研究中取得具有国际影响的系统性原创成果；或在解决国家经济社会开展面临的重大科技问题中具有创新思想与方法，实现相关重要基础原理的创新、关键技术突破或集成；或积累基本科研数据，为相关领域科研研究给予支撑，为国家宏观决策给予科研依据。

国家工程研究中心是根据国家和行业开展需要，以及相关批复文件的要求，实现设定的研究开发和成果转化目标；主动组织、参与产业关键共性技术开发，并为行业给予技术开发及成果工程化的试验、验证环境；承担国家和行业下达的科研开发及工程化研究任务，并依据合同按时完成任务；

将承担国家和行业任务所形成的技术成果顺利获得市场机制向行业转移和扩散，起到科研与产业之间的桥梁和纽带作用。

三是管理部门不同。

科技部是国家重点实验室的宏观管理部门；国家开展改革委是国家工程研究中心建设项目的组织管理部门。